黄芩苷在水中偏酸性，所以溶解性不太好，如用碱液将其pH调至6-7即可较好溶解。
如考虑做脂质体时，少量可用甲醇溶解，量较大时可考虑混合溶剂溶解。
黄芩苷在冷水中溶解度较差，在热水中(70度以上)溶解度较好；在酸水中溶解度更差，常规从药材中提取一般是水煎煮酸沉法得到比较纯的样品的。
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